Prototype

«Prototype» es el primero de dos juegos y permite al usuario ponerse en la piel de Alex Mercer mientras lucha por detener el brote viral conocido como BLACKLIGHT por todo Manhattan. El propio Alex está infectado por el virus, lo que le ha otorgado habilidades especiales y mutantes que evolucionarán con el tiempo y le ayudarán a detener el virus.

El juego sigue a Alexander J. Mercer (con la voz de Barry Pepper), quien se despierta en un depósito de cadáveres situado en el sótano de Gentek, una empresa de ingeniería genética con sede en Manhattan, lo que hace que dos científicos que estaban a punto de realizar una autopsia salgan corriendo. Alex escapa y es testigo de cómo unos agentes militares abaten a tiros a los científicos. Alex es descubierto y atacado. Sobrevive a los disparos que recibe en el pecho y salta por encima de un muro para ponerse a salvo. Pronto descubre que ahora posee poderosas habilidades para cambiar de forma, fuerza, velocidad, agilidad, resistencia, sentidos y aguante sobrehumanos, así como armamento y la capacidad de «consumir» a las personas para adquirir sus recuerdos, habilidades y apariencia. Sin ningún recuerdo de su vida anterior, Alex decide encontrar y «consumir» a quienes están relacionados con la conspiración para descubrir la verdad. Durante su búsqueda, Alex se enfrenta a dos facciones: el Cuerpo de Marines de los Estados Unidos y Blackwatch, una unidad de fuerzas especiales de Fort Detrick dedicada a combatir la guerra biológica; y los Infectados, monstruos creados por un virus conocido como BLACKLIGHT que está arrasando Manhattan. El capitán Robert Cross (con la voz de Jeffrey Pierce), un oficial de Blackwatch, recibe la orden de localizar y neutralizar a Alex. Alex se pone en contacto con su hermana, Dana (con la voz de Lake Bell), quien le ayuda a localizar a sus objetivos, lo que le lleva a infiltrarse en la sede de Gentek. Encuentra a una joven llamada Elizabeth Greene recluida en el edificio. Greene es un huésped de BLACKLIGHT y, al escapar, lo libera sobre Manhattan. Dana dirige a Alex hacia Karen Parker, su exnovia. Ella accede a ayudarle a detener el virus, aunque le exige a Alex que le traiga muestras del mismo. Más tarde, Karen lleva a Alex a una trampa, donde se enfrenta a Cross. Durante su combate, Alex está a punto de derrotar a Cross cuando este menciona «Penn Station», lo que desencadena un flashback que deja a Alex aturdido. A Alex le inyectan un parásito que amenaza con matarlo. Alex busca la ayuda del Dr. Ragland, un patólogo vinculado a Gentek. Ragland ayuda a Alex a extraer el parásito y a convertirlo en un arma contra Greene. Sin embargo, no surte efecto en Greene, ya que su cuerpo rechazó el parásito de inmediato, y la biomasa rechazada da lugar a un ser monstruoso, el Cazador Supremo, al que Alex mata. Los orígenes del virus y de Elizabeth Greene salen a la luz gracias a un contacto: en 1969, el gobierno probó en Hope (Idaho) el predecesor del virus, diseñado para atacar a razas predeterminadas. El virus mutó en algo mucho más letal y toda la población resultó infectada. Elizabeth Greene fue la única superviviente; una anomalía en la biología de su cuerpo aceptó el virus, reescribiendo su código genético junto con el de su hijo aún no nacido, cuyo nombre en clave era PARIAH. El resto de la población de Hope, Idaho, fue exterminada por Blackwatch. Greene y PARIAH fueron mantenidos en cautividad para seguir investigándolos. Alex descubre su propio pasado: Blackwatch cerró el proyecto Gentek debido a filtraciones y ordenó la eliminación de todo el personal del proyecto. Alex Mercer se llevó una muestra de BLACKLIGHT como «seguro». Finalmente, Blackwatch lo acorraló en Penn Station. Alex, en un último acto de desesperación y venganza, rompió el frasco que contenía el BLACKLIGHT, liberando el virus antes de ser abatido a tiros. El virus entró en el torrente sanguíneo de Mercer a través de los agujeros de bala y reparó su cuerpo a nivel celular. El contacto y Alex inyectan un nuevo agente biológico llamado «BLOODTOX» en el subsuelo con el fin de atraer al virus a la superficie, donde pueda combatirse directamente, lo que provoca que Greene emerja, encerrada en una monstruosidad gigantesca. Greene cae del monstruo en forma humana una vez derrotada, y es devorada por Alex. A través de sus recuerdos, queda claro que el general Randall, jefe de Blackwatch, está dispuesto a destruir Manhattan con un arma nuclear. El contacto resulta ser Cross. Alex, con la ayuda del Capitán, se infiltra en el USS Ronald Reagan para detener a Randall. Una vez que Alex devora a Randall, se descubre que Cross es el Cazador Supremo, quien asumió la identidad de Cross tras devorarlo, y ataca a Alex, afirmando que, cuando Blackwatch abandone la Zona de Nueva York, ya no seguirán buscando infectados, y que, tras devorar a Alex, será lo suficientemente fuerte como para sobrevivir a la detonación nuclear. Alex derrota al Cazador Supremo y traslada el arma al océano Atlántico en un helicóptero, donde detona y lo atrapa en la explosión. Sus restos flotan de vuelta a la ciudad y se regeneran tras devorar un cuervo. Durante los créditos, se revela que la opinión pública considera que fue el ejército quien detuvo la infección; se oye a un senador estadounidense decir a los medios de comunicación que los sucesos de Manhattan fueron un caso de terrorismo nuclear y biológico, y promete castigar a los responsables. Alex, reflexionando sobre los acontecimientos ocurridos y la verdad que ha descubierto sobre sí mismo, afirma que se ha «convertido en algo menos que humano, pero también en algo más». Tras los créditos, se muestra que Manhattan se está recuperando poco a poco y que el virus ha sido erradicado casi por completo. Alex, de pie en lo alto del edificio de Reuters en Times Square, comenta que su trabajo está casi terminado.